Das Direktorium wird vom Zentrumsrat gewählt. Es „leitet das C3L, d. h. es legt Richtlinien für die Aufgabenwahrnehmung und Weiterentwicklung des Zentrums fest. Die leitende Direktorin bzw. der leitende Direktor ist zusammen mit der Geschäftsführung für den Geschäftsbetrieb des C3L zuständig“ (§6 (3) der Zentrumsordnung).