An der Universität Oldenburg werden zwei Sonderforschungsbereiche von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) gefördert.

• Sonderforschungsbereich 1372
  Magnetrezeption und Navigation in Vertebraten: von der Biophysik zu Gehirn und Verhalten
  Universität Oldenburg, Institut für Vogelforschung/Wilhelmshaven, Max-Planck-Institut für Evolutionsbiologie/Plön, Universität Bochum, Universität zu Köln, Weizmann-Institut für Wissenschaften/Rehovot, Israel
  Beginn 2019, Sprecher: Prof. Dr. Henrik Mouritsen, Universität Oldenburg
• Sonderforschungsbereich 1330
  Hörakustik: Perzeptive Prinzipien, Algorithmen und Anwendungen (HAPPAA)
  Beginn 2018, Sprecher: Prof. Dr. Volker Hohmann, Universität Oldenburg

Beteiligung von Oldenburger Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern an Sonderforschungsbereichen:

• Sonderforschungsbereich/Transregio 359 
  Perinatale Entwicklung der Immunzell-Topologie (PILOT)
  Beginn 2023, beteiligt: PD Dr. Anne Hilgendorff
• Sonderforschungsbereich/Transregio 386
  HYP*MOL – Hyperpolarisation in molekularen Systemen
  Beginn 2023, beteiligt: Prof. Dr. Ilia Solovyov
• Sonderforschungsbereich 1463
  Integrierte Entwurfs- und Betriebsmethodik für Offshore-Megastrukturen
  Beginn 2021, beteiligt: Prof. Dr. Martin Kühn, Prof. Dr. Joachim Peinke, Dr. Matthias Wächter
• Sonderforschungsbereich/Transregio 294
  Strukturwandel des Eigentums
  Beginn 2021, beteiligt: Prof. Dr. Tilo Wesche
• Sonderforschungsbreich/Transregio 234
  Lichtgetriebene molekulare Katalysatoren in hierarchisch strukturierten Materialien – Synthese und mechanistische Studien
  Beginn 2018, beteiligt: Prof. Dr. Timm Wilke
• Sonderforschungsbereich 1278
  Polymerbasierte Nanopartikel-Bibliotheken für die Entwicklung zielgerichteter anti-inflammatorischer Strategien
  Beginn 2017, beteiligt: Prof. Dr. Timm Wilke

• Sonderforschungsbereich/Transregio 128
  Initiierungs-, Effektor- und Regulationsmechanismen bei Multipler Sklerose – von einem neuen Verständnis der Pathogenese zur Therapie
  2012-2024, beteiligt: Prof. Dr. Karin Loser
• Sonderforschungsbereich 1009
  Breaking Barriers – Immunzellen und pathogene Erreger an Zell-/Matrix-Barrieren
  2012-2024, beteiligt: Prof. Dr. Karin Loser
• Sonderforschungsbereich 901
  On-The-Fly Computing - Individualisierte IT-Dienstleistungen in dynamischen Märkten
  2011-2023, beteiligt: Prof. Dr. Heike Wehrheim
• Sonderforschungsbereich/Transregio 51
  Ökologie, Physiologie und Molekularbiologie der Roseobacter-Gruppe: Aufbruch zu einem systembiologischen Verständnis einer global wichtigen Gruppe mariner Bakterien
  Universität Oldenburg, TU Braunschweig, Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung (HZI), Deutsche Sammlung für Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ) sowie das Genomforschungslabor der Universität Göttingen
  2010-2022, Sprecher: Prof. Dr. Meinhard Simon, Universität Oldenburg
• Sonderforschungsbereich/Transregio 31
  Das aktive Gehör
  Universitäten Oldenburg und Magdeburg
  2005-2017, Sprecher: Prof. Dr. Georg Martin Klump, Universität Oldenburg
• Sonderforschungsbereich/Transregio 14
  Automatische Verifikation und Analyse komplexer Systeme AVACS
  Universitäten Oldenburg, Freiburg und Saarbrücken
  2004-2015, Sprecher: Prof. Dr. Werner Damm, Universität Oldenburg
• Sonderforschungsbereich 517
  Neuronale Grundlagen kognitiver Leistungen
  Universitäten Oldenburg und Bremen
  1996-2005, Sprecher: Prof. Dr. Gerhard Roth