An der Universität Oldenburg werden zwei Sonderforschungsbereiche von der Deutschen Forschungsgemeinschaft gefördert.

• Sonderforschungsbereich 1372
  „Magnetrezeption und Navigation in Vertebraten: von der Biophysik zu Gehirn und Verhalten“
  Universität Oldenburg, Institut für Vogelforschung/Wilhelmshaven, Max-Planck-Institut für Evolutionsbiologie/Plön, Universität Bochum, Universität zu Köln, Weizmann-Institut für Wissenschaften/Rehovot, Israel
  (Beginn: 2019, Sprecher: Prof. Dr. Henrik Mouritsen, Universität Oldenburg)
• Sonderforschungsbereich 1330
  „Hörakustik: Perzeptive Prinzipien, Algorithmen und Anwendungen (HAPPAA)“
  (Beginn 2018, Sprecher: Prof. Dr. Volker Hohmann)

Beteiligung Oldenburger Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler an Sonderforschungsbereichen/Transregios:

• TRR 386: HYP*MOL – Hyperpolarisation in molekularen Systemen
  (Beginn 2023, beteiligt: Prof. Dr. Ilia Solovyov)
• SFB 1463:  Integrierte Entwurfs- und Betriebsmethodik für Offshore-Megastrukturen
  (Beginn 2021, beteiligt: Prof. Dr. Martin Kühn, Prof. Dr. Joachim Peinke, Dr. Matthias Wächter)
• TRR 294:  Strukturwandel des Eigentums
  (Beginn 2021, beteiligt: Prof. Dr. Tilo Wesche)
• TRR 234: Lichtgetriebene molekulare Katalysatoren in hierarchisch strukturierten Materialien – Synthese und mechanistische Studien 
  (Beginn 2018, beteiligt: Prof. Dr. Timm Wilke)
• SFB 1278: Polymerbasierte Nanopartikel-Bibliotheken für die Entwicklung zielgerichteter anti-inflammatorischer Strategien
  (Beginn 2017, beteiligt: Prof. Dr. Timm Wilke)

• Sonderforschungsbereich/ Transregio 128
  "Initiierungs-, Effektor- und Regulationsmechanismen bei Multipler Sklerose – von einem neuen Verständnis der Pathogenese zur Therapie"
  (2012-2024, beteiligt: Prof. Dr. Karin Loser)
• Sonderforschungsbereich 1009
  "Breaking Barriers – Immunzellen und pathogene Erreger an Zell-/Matrix-Barrieren"
  (2012-2024, beteiligt: Prof. Dr. Karin Loser)
• Sonderforschungsbereich 901 
  "On-The-Fly Computing - Individualisierte IT-Dienstleistungen in dynamischen Märkten"
  (2011-2023, beteiligt: Prof. Dr. Heike Wehrheim)
• Sonderforschungsbereich/Transregio 51
  "Ökologie, Physiologie und Molekularbiologie der Roseobacter-Gruppe: Aufbruch zu einem systembiologischen Verständnis einer global wichtigen Gruppe mariner Bakterien"
  Universität Oldenburg, TU Braunschweig, Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung (HZI), Deutsche Sammlung für Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ) sowie das Genomforschungslabor der Universität Göttingen
  (2010-2022, Sprecher: Prof. Dr. Meinhard Simon)
• Sonderforschungsbereich/Transregio 31
  "Das aktive Gehör"
  Universitäten Oldenburg und Magdeburg
  (2005-2017, Sprecher: Prof. Dr. Georg Martin Klump, Universität Oldenburg)
• Sonderforschungsbereich/Transregio 14
  "Automatische Verifikation und Analyse komplexer Systeme AVACS"
  Universitäten Oldenburg, Freiburg und Saarbrücken
  (2004-2015, Sprecher: Prof. Dr. Werner Damm, Universität Oldenburg)