Das Department für Humanmedizin bildet das Dach für die Universitätskliniken, die bei den klinischen Partnern – dem Evangelischen Krankenhaus, der Karl-Jaspers-Klinik, dem Klinikum und dem Pius-Hospital – angesiedelt sind.

Zudem gehören dem Department Abteilungen der klinisch-theoretischen Fächer sowie die medizinische Ausbildungsforschung an.