Das Evangelische Krankenhaus offeriert drei Versorgungsschwerpunkte. Die Universitätskliniken für Neurochirurgie und Neurologie decken in interdisziplinärer Zusammenarbeit mit dem Institut für Radiologie und Neuroradiologie, der Klinik für Innere Medizin, der Klinik für Anästhesiologie sowie der Klinik für interdisziplinäre Intensivmedizin das gesamte Spektrum neurologisch-neurochirurgischer Erkrankungen ab. Das Evangelische Krankenhaus verfügt zudem über eine zertifizierte „überregionale Stroke Unit“. Eine enge interdisziplinäre Verzahnung dieser Kliniken gemeinsam mit der Klinik für Unfallchirurgie, Orthopädie und Sporttraumatologie ermöglicht den zweiten Versorgungsschwerpunkt als zertifiziertes „überregionales Traumazentrum“, das zudem zum Schwerstverletzungsartenverfahren (SAV) der Berufsgenossenschaften zugelassen ist. Das Evangelische Krankenhaus ist somit eine von lediglich neun Kliniken in Niedersachsen, die über die uneingeschränkte Zulassung zur Behandlung von Schwerverletzten verfügen.

Eine wichtige fachliche Ergänzung bietet die Klinik für neurologische Frührehabilitation mit rehabilitativen und palliativen Schwerpunkten, die aktiv in das Oldenburger Forschungsnetzwerks Notfall- und Intensivmedizin (OFNI) eingebunden ist. Weitere fachliche Schwerpunkte liegen im Bereich der Diagnostik und Therapie neurologischer Erkrankungen, wie Demenz/Alzheimer, Multiple Sklerose, Morbus Parkinson und Epilepsie, der Hirntumorchirurgie und der Behandlung von Tumorerkrankungen des Kopf-Halsgebietes sowie der Behandlung von Hörstörungen mithilfe von implantierbaren Hörsystemen (Cochlea-Implantaten). Diese audiologische und HNO-ärztliche Expertise stellt klinisch und wissenschaftlich den dritten Versorgungsschwerpunkt am Evangelischen Krankenhaus dar, der wiederum nur durch eine enge interdisziplinäre Verzahnung mit den anderen am Haus ansässigen Fachabteilungen abgebildet werden kann.