Nach §45 NHG sind die zuständigen Studienkommissionen vor den Entscheidungen des Fakultätsrates in allen Angelegenheiten der Lehre, des Studiums und der Prüfungen zu hören. Der Fakultätsrat hat ihre Empfehlungen zu würdigen und seine Stellungnahme zu dokumentieren; er kann einzelne Entscheidungen auf eine zuständige Studienkommission übertragen.

An der Fakultät VI sind zwei Studienkommissionen eingerichtet, ihre Aufgaben verteilen sich folgendermaßen:

Die Studienkommission der Fakultät VI ist für alle Angelegenheiten der Lehre, des Studiums und der Prüfungen des Modellstudiengangs Humanmedizin sowie für die Masterstudiengänge Neurocognitive Psychology, Molecular Biomedicine, Advanced Nursing Practice und Versorgungsforschung zuständig.

Die bifakultäre Studienkommission der Fakultäten V und VI ist für alle Angelegenheiten der Lehre, des Studiums und der Prüfungen der Biologie-Studiengänge des Instituts für Biologie und Umweltwissenschaften (außer Landschaftsökologie), des Fachmasterstudiengangs Neuroscience und des Promotionsstudiengangs Neurosensory Science and Systems zuständig.

Fakultätsübergreifende Angelegenheiten werden in beiden Studienkommissionen beraten.

Zudem gibt es eine fakultätsübergreifende Studienkommission.