An der Universität Oldenburg werden drei Sonderforschungsbereiche von der Deutschen Forschungsgemeinschaft gefördert.

• Sonderforschungsbereich 1372
  „Magnetrezeption und Navigation in Vertebraten: von der Biophysik zu Gehirn und Verhalten“
  Universität Oldenburg, Institut für Vogelforschung/Wilhelmshaven, Max-Planck-Institut für Evolutionsbiologie/Plön, Universität Bochum, Universität zu Köln, Weizmann-Institut für Wissenschaften/Rehovot, Israel
  (Beginn: 2019, Sprecher: Prof. Dr. Henrik Mouritsen, Universität Oldenburg)

• Sonderforschungsbereich 1330
  „Hörakustik: Perzeptive Prinzipien, Algorithmen und Anwendungen (HAPPAA)“
  (Beginn 2018, Sprecher: Prof. Dr. Volker Hohmann)

• Sonderforschungsbereich/Transregio 51
  „Ökologie, Physiologie und Molekularbiologie der Roseobacter-Gruppe: Aufbruch zu einem systembiologischen Verständnis einer global wichtigen Gruppe mariner Bakterien“
  Universität Oldenburg, TU Braunschweig, Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung (HZI), Deutsche Sammlung für Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ) sowie das Genomforschungslabor der Universität Göttingen
  (Beginn 2010, Sprecher: Prof. Dr. Meinhard Simon)

• Sonderforschungsbereich/Transregio 14
  "Automatische Verifikation und Analyse komplexer Systeme AVACS"
  Universitäten Oldenburg, Freiburg und Saarbrücken
  (2004-2015, Sprecher: Prof. Dr. Werner Damm, Universität Oldenburg)
   
• Sonderforschungsbereich/Transregio 31
  "Das aktive Gehör"
  Universitäten Oldenburg und Magdeburg
  (2005-2017, Sprecher: Prof. Dr. Georg Martin Klump, Universität Oldenburg)