An der Universität Oldenburg werden drei Sonderforschungsbereiche von der Deutschen Forschungsgemeinschaft gefördert.

• Sonderforschungsbereich 1372
  „Magnetrezeption und Navigation in Vertebraten: von der Biophysik zu Gehirn und Verhalten“
  Universität Oldenburg, Institut für Vogelforschung/Wilhelmshaven, Max-Planck-Institut für Evolutionsbiologie/Plön, Universität Bochum, Universität zu Köln, Weizmann-Institut für Wissenschaften/Rehovot, Israel
  (Beginn: 2019, Sprecher: Prof. Dr. Henrik Mouritsen, Universität Oldenburg)

• Sonderforschungsbereich 1330
  „Hörakustik: Perzeptive Prinzipien, Algorithmen und Anwendungen (HAPPAA)“
  (Beginn 2018, Sprecher: Prof. Dr. Volker Hohmann)

Beteiligung Oldenburger Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler an Sonderforschungsbereichen/Transregios:

• SFB 1463:  Integrierte Entwurfs- und Betriebsmethodik für Offshore-Megastrukturen
  (Beginn 2021, beteiligt: Prof. Dr. Martin Kühn, Prof. Dr. Joachim Peinke, Dr. Matthias Wächter)
• TRR 294:  Strukturwandel des Eigentums
  (Beginn 2021, Beteiligt: Prof. Dr. Tilo Wesche)
• TRR 128: Initiierungs-, Effektor- und Regulationsmechanismen bei Multipler Sklerose - von einem neuen Verständnis der Pathogenese zur Therapie
  (Beginn 2012; beteiligt: Prof. Dr. Karin Loser)
• SFB 1009:  Breaking Barriers - Immunzellen und pathogene Erreger an Zell-/Matrix-Barrieren
  (Beginn 2012, beteiligt: Prof. Dr. Karin Loser)
• SFB 901:  On-The-Fly Computing - Individualisierte IT-Dienstleistungen in dynamischen Märkten
  (Beginn 2011, beteiligt: Prof. Dr. Heike Wehrheim)

• Sonderforschungsbereich/Transregio 51
  „Ökologie, Physiologie und Molekularbiologie der Roseobacter-Gruppe: Aufbruch zu einem systembiologischen Verständnis einer global wichtigen Gruppe mariner Bakterien“
  Universität Oldenburg, TU Braunschweig, Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung (HZI), Deutsche Sammlung für Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ) sowie das Genomforschungslabor der Universität Göttingen
  (2010-2022) Sprecher: Prof. Dr. Meinhard Simon)
   
• Sonderforschungsbereich/Transregio 31
  "Das aktive Gehör"
  Universitäten Oldenburg und Magdeburg
  (2005-2017, Sprecher: Prof. Dr. Georg Martin Klump, Universität Oldenburg)

• Sonderforschungsbereich/Transregio 14
  "Automatische Verifikation und Analyse komplexer Systeme AVACS"
  Universitäten Oldenburg, Freiburg und Saarbrücken
  (2004-2015, Sprecher: Prof. Dr. Werner Damm, Universität Oldenburg)