Ihre wissenschaftliche Arbeit zielte zum einen auf eine fundierte Verstetigung von „Gender and Science“ in der Wissenschaftslandschaft. Mit ihren wissenschaftlichen Projekten setzte sie Akzente auf Geschlechterforschung in biologischen Kontexten. Sie befasste sich mit der Verwobenheit zoologischer und botanischer Wissensproduktion mit den soziokulturellen Vorstellungen von Geschlecht sowie mit der Spiegelung der Geschlechterverhältnisse in der zoologischen und botanischen Systematik.

Dr. Smilla Ebeling arbeitete im Bereich der Lehrentwicklung an der Neuprofilierung der Frauen- und Geschlechterstudien mit. Zu diesem Zweck war sie an einer Arbeitsgruppe aus Mitgliedern des ZFG und des ZGS, Universität Bremen, beteiligt, die ein Konzept eines gemeinsamen Studiengangs Gender Studies im Bachelorsystem konzipierte und wirkte an dessen Einführung im Wintersemester 2007/08 und Etablierung mit. Bis Ende 2008 engagierte sie sich als Mitglied der Studiengangskommission Gender Studies, zeitweise in der Funktion der Vorsitzenden. In das Lehrangebot sowohl des Magisternebenfachs Frauen- und Geschlechterstudien als auch des BA Gender Studies war JP Dr. Smilla Ebeling mit je vier Semesterwochenstunden Lehre bis zum Wintersemester 2009/10 eingebunden. Sie bot regelmäßig Vorlesungen zu Grundlagen der Geschlechterforschung an und führte Seminare durch, die sich inhaltlich an ihren Forschungsschwerpunkten orientierten: z.B. „Tierisch Menschlich. Gender in Mensch-Tier Verhältnissen“, „Geschlechterpolitiken in Zoos und Museen“, „Geschlechterpolitiken in Zoologischen Gärten und Naturkundemuseen“ etc. Ihrem Engagement für forschungsorientierte Lehre und Nachwuchsförderung wurde hochschulöffentlich Rechnung getragen. Im Dezember 2006 gewann sie den Preis der Lehre (1. Platz) für das Studienjahr 2005/2006 an der Carl von Ossietzky Universität Oldenburg.

Außerdem setzte sich JP Dr. Smilla Ebeling erfolgreich für eine Ausdifferenzierung des Studienschwerpunktes Gender und Naturwissenschaften im BA Gender Studies ein durch Einwerbung von Gastwissenschaftlerinnen im Rahmen des Maria-Goeppert-Mayer Programms. Aufgrund ihrer intensiven internationalen Kooperationsbeziehungen und verbindlichen Vernetzungskontakte in der Fachöffentlichkeit „Gender and Science“ konnte sie für das Wintersemester 2006/07 Prof. Dr. Londa Schiebinger, Stanfort University, USA, für das Sommersemester 2007 Prof. Dr. Bonnie Spanier, University at Albany ( New York, USA),für das Wintersemester 2007/08 Dr. Helene Götschel und für das Wintersemester 2008/09 HD. Dr. Sigrid Schmitz als Gastprofessorinnen am ZFG gewinnen.

Neben Forschungs- und Lehrtätigkeit engagierte sich JP Dr. Smilla Ebeling in zahlreichen Gremien im ZFG und an der Carl von Ossietzky Universität: bis September 2009 Mitglied im Zentrumsrat des ZFG, 2006 - 2008 als stellvertretende Direktorin, bis Ende 2010 Mitglied in der Redaktionsgruppe der Schriftenreihe „Studien interdisziplinäre Geschlechterforschung“, bis Ende 2008 Mitglied in der „Kommission für Frauenförderung und Gleichstellung (KFG)“. Fachliche Kooperationen pflegte sie intensiv zur „Landesarbeitsgemeinschaft der Einrichtungen der Geschlechterforschung in Niedersachsen (LAGEN)“, wie zur „Konferenz der Einrichtungen für Frauen- und Geschlechterstudien im deutschsprachigen Raum/KEG“ und zur „Fachgesellschaft Geschlechterstudien/Gender Studies Association“. In allen Zusammenschlüssen war sie aktiv vertreten und brachte die Positionen und Interessen des ZFG erfolgreich ein. Trotz intensiver Bemühungen und Verhandlungen ließ sich eine Verstetigung der Junior-professur nicht verwirklichen und JP Dr. Smilla Ebeling verließ im September 2009 das ZFG. Es ist ihrer wissenschaftlichen Expertise zu verdanken, dass in den Jahren 2003 - 2009 „Gender and Science“ als innovative Perspektive in Forschung und Lehre nachhaltig im ZFG verankert wurde und international namhafte Wissenschaftlerinnen im Rahmen des Maria Goeppert-Mayer Programms im ZFG arbeiteten.