Voraussetzung für einen nachhaltigen Betrieb eines Küstenobservatoriums sind neben den wissenschaftlichen Beiträgen und der Offenheit für Kooperationen auch die Einbindung in nationale und internationale Programme und Netzwerke.
Ozeanographische Daten der Messstation werden z.B. in das Deutschen Ozeanographischen Datenzentrum (DOD) beim Bundesamt für Seeschifffahrt und Hydrographie (BSH) sowie das COSYNA-Datenportal eingespeist. Diese Daten können dann z.B. zur Vorhersage von Sturmfluten genutzt werden. Die Messstation und somit das SCO ist auch ein wichtiger Bestandteil von EMODnet (European Marine Observation and Data Network). Hier dienen die Daten u.a. als Grundlage für Klimamodelle. Das ICBM sind langjährige assoziierte Mitglieder der internationalen Organisationen NOOS (North West European Shelf Operational Oceanographic System), EuroGOOS (European Global Ocean Observing System) und damit GOOS (Global Ocean Observing), in denen sich wissenschaftliche Einrichtungen und staatliche Stellen zusammengeschlossen haben, um Überwachungs- und Vorhersagesysteme für die Meeresumwelt zu entwickeln und zu realisieren. Seit 2018 ist das Küstenobservatorium Spiekeroog außerdem Teil von LTER-D.