Mittelpunkt der regionalen Vernetzung des ZFG ist eine enge Kooperationsbeziehung mit dem Zentrum Gender Studies der Universität Bremen (ZGS). Der intensive wissenschaftliche Austausch hat eine lange Tradition seit Gründung des ZFG und nachhaltige gemeinsame Projekte und Aktivitäten in den Bereichen Wissenstransfer, Nachwuchsförderung und Lehrentwicklung hervorgebracht.

Beide Zentren unterhalten als langjähriges fortlaufendes Projekt eine gemeinsame Schriftenreihe „Studien interdisziplinäre Geschlechterforschung“, transcript Verlag. Die bislang erschienen Veröffentlichungen haben eine interdiziplinäre Ausrichtung, die sich auf vielfältige wissenschaftliche Schwerpunkte der Zentren beziehen.

Auf dem Gebiet der Nachwuchsförderung boten die beiden Zentren 2006 und 2008 gemeinsamen zwei Promotionsworkshops Genderforschung an, der Promovierenden des Feldes der Frauen- und Geschlechterforschung die Möglichkeit zum intensiven Austausch, zur Fortbildung und zur Vernetzung gab.

Ein langfristiges Projekt der Zusammenarbeit bildete die Weiterentwicklung der Lehre im Bereich Gender gemäß Bachelorstrukturen. Wissenschaftlerinnen des ZFG und des ZGS konzipierten, implementierten und unterhielten einen gemeinsamen Studiengang BA Gender Studies, der seit dem Wintersemester 2007/08 an beiden Standorten für Bremer und Oldenburger Studierende als hochschulübergreifender Studiengang angeboten wurde. Aufgrund tiefgreifender struktureller Veränderungen – fehlende Personalkapazitäten im ZGS und inhaltliche Neuanbindung des ZFG – wurde der BA Gender Studies in dieser kooperativen Form nur bis zum Wintersemester 2010/11 zur Neueinschreibung angeboten.