Am 1. Oktober 2004 stellte die Universität Oldenburg als erste Hochschule in Niedersachsen und eine der ersten in Deutschland ihr Studienangebot nahezu komplett auf Bachelor- und Master-Studiengänge um.
Die neuen Studiengänge standen jahrelang in der Diskussion. Sie lösten in Deutschland fast alle Diplom-, Magister- und Staatsexamensstudiengänge ab. Denn 1999 hatten die Bildungsminister von 29 europäischen Staaten in Bologna beschlossen, die Hochschulabschlüsse zu vereinheitlichen und das Kreditpunktesystem (ECTS) einzuführen. Dies sollte die Anerkennung der Abschlüsse und den internationalen Studierendenaustausch erleichtern. Der damalige Unipräsident Prof. Dr. Siegfried Grubitzsch nannte die Umstellung die „größte Hochschulreform seit Humboldt“. Es gab aber auch viel Kritik: Der Reform wurde vorgeworfen, das Studium zu „verschulen“, zu viele Prüfungen vorzusehen und den Studierenden zu wenige Wahlmöglichkeiten zu lassen. In der Folge gab es mehrere Anpassungen, um Belastungen zu reduzieren.
Besonders schnell in der Umsetzung war die Fakultät V – Mathematik und Naturwissenschaften. Schon zum Wintersemester 2005/06 wurden alle ihre damals 16 Bachelor- und Masterstudiengänge akkreditiert, das heißt als vollwertige Studiengänge anerkannt. Damit war sie die erste Fakultät in Niedersachsen, die ausschließlich die neuen Bachelor- und Masterstudiengänge anbot. Informatikstudierende konnten sogar schon seit 2001 mit Bachelorabschluss studieren.
Stand 2024 bietet die Uni Oldenburg 17 Fach-Bachelor-, 30 Zwei-Fächer-Bachelor-, 82 Lehramtsmaster- und 50 Fachmasterstudiengänge sowie den Staatsexamensstudiengang Humanmedizin an. Im Prüfungsjahr 2023 haben rund 2.800 Studierende an der Universität Oldenburg ihren Abschluss gemacht.