Die Universitätsklinik für Kinder und Jugendmedizin setzt sich aus fünf spezialisierten Fachkliniken mit den folgenden Forschungsschwerpunkten zusammen:

Besondere Forschungsschwerpunkte Neonatologie/pädiatrische Intensivmedizin liegen in der Neurobiologie des sich entwickelnden Gehirns (AG Prof. A. Heep).
Interne Forschung/Kooperationen bestehen mit dem Department für Psychologie (AG Prof. A. Hildebrandt), dem Institut für Anatomie (Prof. A. Bräuer).
Externe Forschungskooperation bestehen mit der Universität Bristol (AG Prof. J. Uney; Stem cell and neuroregeneration), Universität Groningen (Prof. A. Bos; Department Neonatologie), Universität Bonn ( PD Dr. H. Sabir; experimentelle Neurobiologie), Medizinische Hochschule Hannover (AG Prof. G. Hansen, Dr. M. Wetzke Twincore Laboratory - Hannover, CAPNet- Foundation).

Forschungskooperationsprojekte im Rahmen des Potenzialbereichs seltene Erkrankungen der Fakultät VI sind assoziiert mit der Klinik für Neuropädiatrie und Stoffwechselerkrankungen (Prof. C. Korenke). 

Die Klinik für pädiatrische Onkologie (Prof. H. Müller) ist Studienleitung der Kraniopharyngeom-Studien der Gesellschaft für Pädiatrische Onkologie und Hämatologie (GPOH) am Klinikum Oldenburg AöR und koordiniert Therapie und Nachsorge der Patienten im HIT-Netzwerk der Hirntumorstudien und in enger Zusammenarbeit mit den Referenzzentren der GPOH.